Ważnym aspektem Pielgrzymki jest jej wymiar duchowy. Każda Pielgrzymka ma określony wcześniej program duchowy, który ma na celu formowanie duchowe pątników. Dokonuje się to przez sprawowanie i uczestniczenie w liturgii Mszy świętej, korzystanie z innych sakramentów, zwłaszcza pokuty i pojednania oraz przepowiadanie słowa Bożego.

Pielgrzymka jako forma duszpasterstwa specjalnego jest częścią stałego programu duszpasterskiego diecezji. Bywa także nazywana „rekolekcjami w drodze”.

Programy duszpasterskie oparte są na wezwaniach Ojca Świętego i biskupów związanych z troską o Kościół i naród polski. Program Pielgrzymki ujęty jest w krótkie sformułowanie nazywane hasłem Pielgrzymki, które zamieszcza się na znaczkach pielgrzymkowych, legitymacjach, naklejkach i innych materiałach i emblematach pielgrzymkowych.